2004年、開学した沖縄キリスト教学院大学では、第１期生が3年次に進級した2006年度から、本短大を含めて他大学や教育機関からの編入を受け入れています。特に沖縄キリスト教短期大学卒業生の編入に関しては、指定校推薦の定員10名の枠を設定。沖縄キリスト教学院大学は、本短大と敷地・設備を共有している関係から、新しい環境に慣れるまでの精神的負担や引越しなどの経済的負担も軽減され、学生にとって、きわめて有利な条件で3年次からの学生生活をスタートさせることができます。

　現在、沖縄国際大学や琉球大学をはじめとした県内大学、また県外でも多くの大学が編入制度を取り入れています。編入先は本短大専門分野だけではなく、経済・経営・人間科学・社会学・国際関係といった多様な学部学科。新しい可能性にチャレンジできるのはこの制度の大きな魅力。本短大では県内外で多くの大学と指定校協定を結んでおり、本短大からの編入希望者も年々増加しています。編入や外国留学を志す進取の精神に富んだ学生にとって、有利な中継点であり、2年間の期間中で自分を見つめなおし、次の段階へステップアップすることを積極的に支援しています。